作为系列的主角，鸣人在多数火影忍者手游中都具有不俗的实力。特别是在刷副本时，鸣人的多重影分身术可以产生大量分身协助作战，这在应对大量敌人时尤其有利。鸣人的螺旋丸也是一招强力的单体攻击技能，对付BOSS级别的敌人有着不错的效果。随着游戏进程的推进，鸣人还能解锁更多强力的形态，如仙人模式、尾兽模式等，这些形态下的鸣人在刷副本时几乎无人能敌。
佐助是鸣人的宿敌也是朋友，他在手游中的表现亦是十分强大。宇智波佐助的雷切和天照可以造成巨大伤害，特别是对付单个强大的敌人时更是如鱼得水。佐助的万花筒写轮眼还具有瞬移等技能，这不仅可以帮助他快速移动到敌人身边发动攻击，同时也是一个非常有效的躲避伤害的手段。随着游戏的深入，佐助的持续伤害能力和综合作战能力都将得到全面提升。
作为风之国的傀儡之王，我爱罗在手游中以其强大的防御力和控制技能著称。他的沙漠之手可以远距离攻击敌人，同时他的防御型技能如绝对防御·砂之守鹤，能够有效地保护自己和队友不受敌人攻击。我爱罗特有的沙之攻击，配合其控场能力，使得他在团队副本中扮演着至关重要的角色。
作为晓组织的领袖，佩恩在火影忍者手游中拥有着压倒性的攻击力。他的地爆天星可以攻击到屏幕上所有的敌人，而神罗天征则是一招强力的控场技能。在面对众多敌人或是高难度BOSS时，佩恩的能力可以说是决定性的。
尽管在动漫初期春野樱并没有太多亮眼的表现，但在手游中，特别是在治疗和辅助方面，樱的能力不容小觑。她的治疗技能可以保持队伍的持久战斗能力，而且随着技能的升级，樱的单次治疗量甚至可以瞬间将队伍拉回满血的状态。樱在进攻上也有着一定的能力，她的怪力攻击在一定程度上可以替代一名主攻手。
以上分析的忍者角色各有特色，在刷副本时都展现出独特的优势。值得注意的是，选择哪个角色并非绝对的好坏之分，玩家应根据自己的喜好、游戏进度以及手上的资源来决定。更重要的是，通过合理搭配队伍、优化角色的技能组合，以及提高自己的操作技术，任何角色都可以在副本中发挥出巨大的作用。火影忍者手游的魅力在于其多样化的玩法和策略，这也正是吸引全球玩家持续热爱这款游戏的原因之一。
